Sesong 2 starter 2 måneder etter at sesong 1 sluttet. Alle jentene lever normale liv og husker ingenting av hva som skjedde. Men Luna ser ingen annen mulighet enn til å vekke sailor moon sine minner til live igjen når ett monster angriper bestevennen hennes.
Usagi er mildt sagt ikke fornøyd med å være en kriger igjen, og hun savner vennene og kjæresten sin. Problemet er at de ikke husker noe. Det tar ikke lang tid før restene av jentene havner i problemer og får minnene sine tilbake også, men kjæresten er og blir borte.
Men merkelig nok dukker det nå opp en ny ridder, en som er kledd i hvitt og minner veldig om kjæresten hennes, men det er ikke han, fordi hun har sett dem begge vedsiden av hverandre.
Denne sesongen er delt opp i to, første del handler om to ailiens som trenger energi for å leve, de vil slå seg ned på jorda, men stjeler mennesker sin energi og dette kan ikke krigerne godta. Hele første del handler om kjærlighet og hva kjærlighet egentlig er.
Så fort de har løst det ene problemet, dukker et annet opp. Dette viser seg å skulle være sesongens hovedhistorie. En liten jente som også heter usagi faller ned fra himmelen og havner oppå usagi sin kjæreste, hun jakter på krystallen og vet at det er usagi som har den.
Samtidig som hun jakter på krystallen og flytter inn i familien til usagi, jakter en klan med slemme folk på henne. De er fra fremtiden og prøver å ødelegge krystallbyen der, men for å klare dette trenger de både å ta livet av den lille jenta og ødelegge krystallen. Eventuelt kan de ødelegge byen før den rekker å bli så sterk.